No meu sistema Ubuntu, /usr/bin/{{to,unix2}dos,dos2unix} são todos links simbólicos para fromdos .
Teste type -a fromdos para ver se há um alias, função ou script que esteja substituindo o binário em /usr/bin .
Além disso, tente especificar o caminho completo no comando find :
find ~/bin/ '!' -type d -exec /usr/bin/fromdos {} \;
Verifique se há um link simbólico quebrado no diretório ~/bin . Existe algum diretório com links simbólicos em ~/bin ?
A mensagem de erro que você está recebendo parece que fromdos está tentando processar um arquivo chamado "fromdos".