Primeiro para a parte do índice. Abra o arquivo httpd.conf e procure por esta seção.
#
# DirectoryIndex: sets the file that Apache will serve if a directory
# is requested.
#
# The index.html.var file (a type-map) is used to deliver content-
# negotiated documents. The MultiViews Option can be used for the
# same purpose, but it is much slower.
#
DirectoryIndex index.htm index.html index.html.var
Na maioria dos casos, você não adicionará index.php aqui, pois ele estará em um conf separado ou no arquivo php.conf.
Depois, para a sua listagem de diretórios, há algumas opções. Você pode usar um arquivo .htaccess ou colocá-lo no conf httpd. Para o arquivo conf você pode adicionar algo assim.
<Directory /path/to/directory>
Options -Indexes
</Directory>