As edições Express são totalmente diferenciadas do fato de você não poder executar plug-ins com elas. Então isso significa que não há ReSharper e coisas do tipo.
Os arquivos do projeto não são alterados de forma alguma para que você possa abrir projetos criados na edição Professional na edição Express e vice-versa.
No entanto, se você está pensando em usar a edição Express, vale a pena atualizar para a versão 2010, já que ela suporta o .NET 4, o Silverlight 4, o WPF, etc.