Sim.
A maneira mais fácil é montar sua partição Windows a partir do Ubuntu e apontar o torrent para a pasta que contém o download parcial. Tentar ir ao contrário requer drivers ext2ifs e nem sempre funciona bem. O Ubuntu vem com um driver NTFS embutido, então torna as coisas um pouco mais fáceis :)
Após adicionar o torrent ao cliente Linux, o arquivo será verificado (pode levar algum tempo dependendo do tamanho) e, uma vez verificado o valor baixado, ele continuará. Eu recomendaria usar o mesmo cliente em sistemas operacionais para simplificar um pouco as coisas. O Dilúvio é uma boa escolha e possui recursos de criptografia integrados.