Minha sugestão seria instalar a partição de inicialização contendo um gerenciador de inicialização (eu gosto do extlinux), sua imagem do kernel e seu initramfs no seu disco rígido.
Em seguida, você configura o initramfs para montar sua partição raiz (que está em seu drive usb) ou adiciona a partição como um argumento para o kernel na configuração do gerenciador de inicialização. O último é mais simples de conseguir, apenas adicione algo como "root = / dev / sdb1" aos argumentos do kernel, para um root fs da primeira partição no segundo hd. Além disso, você não precisará do initramfs se não usar um já.
Ambas as abordagens resultam em algo virtualmente idêntico a uma inicialização do usb, mas a abordagem initramfs permite que você vá (mais adiante) para a cidade com sistemas de arquivos lvm, criptográficos ou exóticos da unidade usb.