Claro que você pode. Ordenar pelo menos:
a. Peça apenas a extensão do arquivo.
@echo off
set /p extension=What file extension?
copy NUL "%UserProfile%\Desktop\New %extension% file.%extension%"
b. Perguntar nome e extensão do arquivo (a partir de comentários).
@echo off
set /p name=File name?
set /p extension=What file extension?
copy NUL %name%.%extension%