O texto literal é definido na face font-latex-verbatim-face , que herda da fixed-pitch face.
Se o texto não estiver na face direita (verifique com M-x describe-text-properties ou “Editar / propriedades de texto / propriedades de exibição”), há algo errado com sua instalação do AUCTeX (de onde vem?) ou com sua configuração ( o que acontece se você executar emacs -q ?).
Se o texto estiver no lado certo, há algo errado com o seu tema. Quais são os parâmetros da fixed-pitch face ( M-x describe-face RET fixed-pitch RET )? Você tem o mesmo problema com outro tema?