O Windows detecta o bit de 32/64 bits do executável, portanto, um binário de 32 bits pode ser instalado em qualquer lugar.
A razão para os dois diretórios Arquivos de Programas é principalmente para eliminar o risco de ter instalações de 32 bits e 64 bits do mesmo programa presentes, e seus arquivos de instalação criando conflitos e / ou problemas de desempenho.
Se esse risco não existir no seu caso, você poderá instalar qualquer produto em qualquer diretório, desde que o instalador tenha essa opção.
Se isso vai funcionar é outra questão que depende do instalador. Geralmente funciona bem, embora às vezes se encontre produtos cujo diretório não pode ser alterado. Mas isso se tornou bastante raro e não deve ser realmente considerado. Mas eu não mudaria o diretório de instalação de qualquer mastodonte, como o Microsoft Office, que tem muitos lugares para dar errado.
Outra questão é que será muito difícil duplicar a configuração de permissões dos Arquivos de Programas fora desse diretório. No entanto, se você tiver um bom produto anti-intrusão, isso não deve ser um problema.
Mas, no geral, meu conselho seria sempre seguir as convenções do sistema sem se aventurar muito, já que alguns produtos podem presumir que você faz isso.