Isso definitivamente deve ser possível, a nova instalação do Windows 7 alterará o carregador de boot (pode não ser o termo correto) para inicializar sua máquina a partir da nova unidade, em vez da antiga. Talvez seja necessário convencer o instalador a instalá-lo em sua nova unidade e, para não reparar / reinstalar a unidade antiga, isso deve ser possível por meio das opções personalizadas / avançadas na instalação.