O resultado depende inteiramente da frequência com que você configura o Activity Monitor para pesquisar o sistema e o que está trabalhando - se forem os 2 segundos padrão em um MacBook Pro de 2006 a 2,16Ghz, eu vi um aumento de 2% -3% no CPU (insignificante). Na configuração Very Frequently (0,5 segundos), os 25% eram muito mais notáveis. Mesmo assim, dependendo do que você está fazendo, um processo de comer continuamente 25% dos ciclos da CPU pode não ser um problema.
Em vez de executar o Activity Monitor, você considerou executar um programa como os menus iStat ou Menu Meters ou até mesmo um script com GeekTool para Fique de olho no seu uso de RAM? Pesquisando menos informações, reduzirá o impacto no desempenho (perceptível ou não) que você teria com o Activity Monitor (que tem a sobrecarga de uma GUI, um daemon de segundo plano e o processamento de informações extras).