É um problema com o Flash, em que qualquer tela que obtém o foco retira-o do modo de tela inteira. Lifehacker tem um artigo sobre como corrigir isso (don ' Não se deixe enganar pelo monitor duplo) também é útil em monitores de PCs. A única ressalva para isso é que eu não tentei isso com o Flash mais recente.
Segundo artigo Lifehacker sobre o Flash 10.1