Consegui consertar. Parece que é de fato uma coisa de processador. A placa-mãe veio com este pequeno programa chamado engine EPU-6, que oferece quatro perfis para o consumo de energia / frequência da CPU. Ele serve para ajudar você a fazer o underclock da CPU quando não é usada, para economizar energia e, assim, ajudar o meio ambiente. Ele tem 4 perfis, economia de energia máxima, economia de energia média (ambos os underclock), alto desempenho (clock normal) e Turbo (overclock). Ele também possui um botão automático, que alterna os perfis com base nos aplicativos em execução. Essa é a opção que usei, e definiu o perfil do Turbo em jogos, e isso estava causando os problemas. Se eu manualmente, mude para Alto desempenho, o problema parece estar corrigido. (Encontrei a solução graças a esta pergunta do fórum )
Editar: Uma coisa que não vale a pena é que o Turbo apenas faz um overclock em um dos quatro núcleos, então provavelmente coisas dessincronizadas (com núcleos rodando em diferentes velocidades)