Se você estiver usando a cópia e a unidade externa for NTFS, apenas deverá certificar-se de que "Everyone" ou algum outro grupo genérico tenha permissões para as pastas. Ao usar a cópia, os arquivos copiados herdam as permissões do destino.
Se você está preocupado com as permissões para esses arquivos depois de instalar o Windows 7, vá para a pasta principal, assuma a propriedade e a permissão e, em seguida, force para inerente e pronto.