O pacote gnome que você está vendo é provavelmente o pacote meta. Isso instala tudo o que você pode precisar para um desktop Gnome, incluindo navegadores, portanto, as dependências.
O problema que você não deseja instalar swfdec-mozilla
e extensões para o epiphany? A coisa mais fácil de fazer para recuperar o Gnome é instalar o pacote gnome mesmo assim, então tente remover os bits que você não precisa, não queira.
Se você não puder instalar o pacote gnome através do synaptic, tente corrigir pacotes quebrados primeiro.
Editar
Após seu comentário: parece que há um defeito pendente , que eu encontrado em este tópico do fórum . Há uma série de soluções sugeridas no tópico, talvez tente instalar gnome-desktop-environment
then gnome-extras
.