Para percorrer todos os aplicativos, você precisará ativar o "script da GUI" e usar Eventos do sistema .
Abra o painel de preferências Acesso universal e verifique se a opção "Ativar acesso para dispositivos auxiliares" está marcada.
Então este AppleScript deve estar perto do que você quer:
set searchString to "whatever"
tell application "System Events"
repeat with aWindow in ¬
(get windows of (application processes whose visible is true) ¬
whose name contains searchString)
set aWindow to contents of aWindow
if aWindow is not missing value and ¬
(exists attribute "AXMinimized" of aWindow) then ¬
set value of attribute "AXMinimized" of aWindow to true
end repeat
end tell