Para poder desenhar as janelas (fora da tela) para que ele possa criar as miniaturas, o KWin apenas as mostra como minimizadas, enquanto elas não são realmente.
Assim, as janelas são minimizadas, até onde o usuário pode dizer, mas elas não são realmente.
Isso pode gerar problemas com aplicativos que desejam saber se estão minimizados ou não, mas, na realidade, você não deve ter problemas escolhendo essa opção.