Se você realmente quiser fazer isso diretamente na linha de comando, uma opção melhor seria usar um link simbólico. XP não tem suporte para isso nativamente (Vista / 7 do), mas Link Winbolic vai fazer isso por você. Se você criar um entroncamento, você mudará o diretório sem problemas e ele aparecerá como uma pasta normal. Tanto quanto sei, isso é implementado diretamente no sistema de arquivos.
Outra opção seria ter o atalho normal e também criar um arquivo em lote ao lado dele, então quando você quiser alterar o dir usando esse atalho em vez de invocar o foobar.lnk, você pode fazer foobar.bat (ou apenas foobar se não houver quaisquer outros executáveis no diretório) e colocar no lote:
cd "where you want to chdir to"
Nenhum dos dois é ideal, mas, até onde sei, não há como navegar nativamente usando os links baseados em arquivos que o Windows gera usando o prompt de comando.
Se você quiser invocá-lo, faça
start foobar.lnk