A libxml é basicamente fundamental para o OS X, já que as plists são usadas em todo o lugar, mesmo para extensões launchd e kernel que são carregadas logo na inicialização do sistema.
Na minha instalação padrão do Snow Leopard 10.6.3, o libxml.2.2.dylib foi compilado para 3 arquiteturas:
$ file /usr/lib/libxml.2.2.dylib
libxml2.2.dylib: Mach-O universal binary with 3 architectures
libxml2.2.dylib (for architecture x86_64): Mach-O 64-bit dynamically linked shared library x86_64
libxml2.2.dylib (for architecture i386): Mach-O dynamically linked shared library i386
libxml2.2.dylib (for architecture ppc7400): Mach-O dynamically linked shared library ppc
Meu palpite é que você só compilou para o i386, mas algo requer a versão de 64 bits?
Não entendo por que a inicialização de um CD não funcionará, já que ele não se aproxima de nenhum arquivo do sistema no disco rígido. Iniciar a partir do CD demora um pouco, você deixou o tempo suficiente?