Deve ficar bem, pelo menos no lado do Ubuntu (eu não uso o freebsd com frequência, então minha opinião não vale nada), contanto que você não esteja se movendo de 32 bits para 64 bits (e pode funcionar então, mas Eu nunca tentei isso).
O Linux é incrivelmente resistente em termos de hardware de comutação: adoro tirar um disco rígido de uma máquina inoperante, colocá-lo na máquina mais próxima disponível e inicializá-lo. Se você pode fazer isso com um cara do Windows obstinado, é uma coisa linda: a inicialização gera cerca de cem erros ... Então inicializa.