Eu procurei mais na Internet e achei o problema. Os conectores para os LEDs e botões da parte frontal do gabinete foram conectados de trás para frente.
A placa-mãe informa claramente quais pinos são positivos e negativos, mas os conectores não. Eles, no entanto, têm uma pequena flecha perto de um pino. Com base em como alguns outros conectores conectados, assumi que a seta era para o pino negativo. Acontece que é para o pino positivo. Eu mudei tudo e funciona bem.
Meu palpite é que o problema real foi causado pelos interruptores de energia e de reset sendo acionados de trás para frente. Eu não sei como isso realmente causou o problema, mas o computador essencialmente agia como se estivesse sendo repetidamente ligado por um décimo de segundo e depois desligado por meio segundo. Isso me leva a acreditar que a energia e / ou os botões de reset causaram os problemas.
Então, a lição a ser aprendida é que, quando há setas nos conectores, elas são para o pino positivo. Idealmente, eles usariam apenas sinais de adição, o que seria muito mais óbvio.