É sempre melhor manter o máximo de informações possível pelo maior tempo possível.
A digitalização em escala de cinza e conversão para bitonal oferece a opção de ajustar os limites e possivelmente até limpar algumas das imagens (embora isso consuma tempo) se os resultados da conversão não forem bons o suficiente.
Digitalizar para preto e branco, embora possa ser bom o suficiente em 80-90% dos documentos (digamos), sempre haverá alguns que exigem intervenção manual.
Suponho que tudo depende de quanto você valoriza seu tempo e quão bom você quer que os resultados sejam.