Encontrei alguns artigos sobre como os cookies não persistentes são armazenados. Na memória é.
Aqui está uma delas: De volta ao básico: cookies da Internet
Non-persistent cookies are stored in RAM and they get removed when the browser window instance is closed
Atualização:
Também fiz um teste para acessar um site SSL depois de excluir todos os cookies do site. Ele grava na mesma pasta que você mencionou.