Primeiro, você deve definir sua pasta de download padrão das opções do uTorrent: Options > Preferences > Directories > Location of Downloaded Files
Por exemplo, C:\Users\John\Desktop\Downloaded\Torrent .
Quando você clica em um link .torrent, o Firefox deve perguntar automaticamente o que fazer. Não salve o arquivo .torrent, basta selecionar "Abrir com utorrent". Em seguida, os arquivos relevantes serão baixados para a pasta que você definiu.