Sim, isso é possível. Eu apenas testei no MS Word 2003 criando diferentes títulos H1, H2 e H3. Na primeira página eu inseri o TOC completo, sob (ou na segunda página com uma quebra de página [Ctrl-Enter]) eu inseri outro TOC incluindo apenas cabeçalhos H1, e isso funciona corretamente.
Por favor, experimente em outro documento.