De forma alguma, a menos que você diga ao Linux para instalar no seu disco rígido. Se você está simplesmente executando a partir de USB, você deve estar bem. Apenas não instale ou faça nada em seu disco rígido.
O boot do linux (slitaz) do meu pendrive danifica meu sistema operacional original (windows vista)?
De forma alguma, a menos que você diga ao Linux para instalar no seu disco rígido. Se você está simplesmente executando a partir de USB, você deve estar bem. Apenas não instale ou faça nada em seu disco rígido.
Tudo é armazenado na RAM (se a distribuição usb for feita corretamente) e, portanto, não afeta nada do sistema operacional do disco rígido, a menos que você (como Drake diz) instale o aplicativo no disco rígido ou edite / exclua arquivos no disco rígido você mesmo, como RAMs são memória volátil (o que significa que os dados são perdidos quando a energia está desligada) link
Se você estiver inicializando a partir de uma versão de CD ao vivo, seu disco rígido deve estar bem.
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