Espero que tal programa exista.
A principal razão é que, para serem eficientes, os arquivos são armazenados em um arquivo grande. Muitos arquivos pequenos teriam um impacto importante na eficiência do índice de diretório. Não me lembro de ter visto um cliente de e-mail que armazenou todos os e-mails em um arquivo separado - e já vi vários programas de e-mail nas últimas décadas.
Seus problemas estão, é claro, relacionados a falhas na comunicação. Redes sem fio, especialmente, têm dificuldades para se recuperar de falhas.
Seu cliente de e-mail que está executando operações de arquivo diretamente não foi gravado para esperar que essas operações falharão. Portanto, não há recuperação fácil.
Outros sistemas como o IMAP são mais apropriados. Dependendo do seu NAS, você pode executar um servidor de e-mail e acessá-lo por meio do IMAP. Você pode optar por deixar as mensagens no servidor e evitar uma cópia local. Ao fazer operações por meio do IMAP, as alterações não serão realmente confirmadas no sistema de arquivos NAS, a menos que todos os dados necessários para a operação estejam disponíveis. Como a operação de confirmação ocorre localmente no NAS, o risco de falha é muito baixo.