Você está certo de que essas ferramentas só funcionarão com base nos links entre as páginas. Se uma página não tiver outras páginas apontando para ela, ela será "invisível" para HTTrack (e outras ferramentas "spider"). Se você conhece as URLs para as páginas "desvinculadas", adicione-as manualmente.
No entanto, se o servidor da Web tiver a "Pesquisa no diretório" ativada, apontando para uma URL que contém um diretório e nenhum nome de página, ele exibirá uma lista de todos os arquivos no diretório. Mas raramente é ativado por razões de segurança. Na maioria das vezes, se nenhum nome de página for especificado, o servidor da Web exibirá uma página padrão (index.html, index.php, default.html, ...) em vez do conteúdo do diretório.