O Cpp relata esse erro se receber mais de dois argumentos na linha de comando.
Em que sistema operacional você está executando? Existe uma versão não padrão do cpp no seu $PATH
? Você pode tentar substituir o cpp por um script wrapper para descobrir o que ele está realmente fazendo ou usar o "strace" para ver como ele está sendo chamado.
Espere, acho que entendi: o caminho para o seu diretório contém espaços em branco. Veja isto:
$ mkdir '/tmp/this path contains spaces'
$ HOME='/tmp/this path contains spaces' sh
$ cd ~
$ pwd
/tmp/this path contains spaces
$ touch testfile
$ xrdb ~/testfile
cpp: too many input files
Deixe-me saber se esta é uma avaliação precisa.