qual versão do windows? se XP, eu sugiro, usando o IDE como configurações do controlador RAID. torna isso mais fácil. Vista / 7 deve tanto apoiar a AHCI.
certifique-se de conectar o SSD internamente (não via eSATA) para que ele apareça no BIOS como a primeira unidade SATA. em seguida, instale o Windows novamente. A instalação do Windows agora deve mostrar as duas unidades de acordo com sua ordem no BIOS.
se você ainda tiver problemas, desconecte o disco rígido do prato e execute a instalação do Windows sem ele.