Primeiro resultado no Google para: macvim position position top
Deu-me isto:
link
Parece ser um problema conhecido com a maneira como o OS X lida com o posicionamento de janelas e Bjorn ainda não descobriu uma maneira de contorná-lo.
Edit: Woops, no comentário 8 ele mudou o status para 'fixed' ... Ele supostamente foi corrigido há apenas 9 dias, e um build de snapshot não foi lançado desde então ... então se você apenas esperar pelo próximo lançamento do Macvim deve ser resolvido: -)