Tem certeza de que eles estão realmente aparecendo como o mesmo álbum no iTunes? Use o Cover Flow para testar.
A única maneira de corrigir isso é garantir que os nomes dos álbuns sejam os mesmos.
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No iTunes, selecione todas as faixas do álbum, clique com o botão direito do mouse e clique em "Obter informações".
Preenchatodasastagsquedevemserasmesmasparatodasasfaixas(comooArtistaeoálbum)everifiqueseovistoaoladodacaixadetextoestáselecionado
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Em seguida, basta sincronizar o seu iPod para o iTunes.