Você tentou reiniciar o apache após a instalação?
Edit: Sim, é assim que eu iria reiniciá-lo. Além disso, depois de instalar a extensão mcrypt, você deve recompilar o php com a opção --with-mcrypt = / usr / local / bin / mcrypt, exceto usar o caminho para onde a extensão mcrypt está instalada.
Existem dois indivíduos nos comentários nesta página que tiveram o mesmo erro. Pode tentar sugestões: link
Além disso, observe o comentário aqui sobre o mesmo erro: link