A última versão do VLC permite que você grave segmentos de forma interativa.
O VLC também pode transcodificar vídeos . Você poderia encadear as duas operações juntas se soubesse os horários de início e término do segmento. Você pode usar esses mesmos comandos para escrever os segmentos de forma não interativa sem transcodificação.
Eu não tenho certeza se o VLC pode transcodificar em flv - você precisará verificar se você pretende usar o VLC para converter o fluxo também.