Alterei as preferências de proxy em System- > Preferences- > Proxy de rede e aplicado "Aplicar todo o sistema". Mas depois da mudança, o Firefox e outros navegadores passam pelo proxy, mas não certos aplicativos que eu uso para se conectar à Internet (como o Songbird e outros applets). Precisa de uma solução para isso.
Você altera suas configurações de proxy em todo o sistema. Não há mais nada que você possa fazer, em todo o sistema, para alcançar o que deseja. Se algumas aplicações não honrarem a configuração, a sua melhor aposta é um relatório de erros.