Tente o seguinte (faça o backup dos arquivos primeiro, por favor)
- Fechar thunderbird
- Vá para o diretório do perfil e exclua o arquivo de índice (.msf) da pasta em questão
- reinicie o thunderbird.
Trabalhou para mim algumas vezes. BTW, o problema geralmente ocorre ao usar o IMAP e interromper o download / sincronização de pastas - esp, quando um grande número de mensagens está sendo sincronizado. Este é o caso aqui também?