É possível que a única coisa que mudou entre as duas revisões seja o espaço em branco e você tenha configurado o recurso de comparação para ignorar o espaço em branco?
Se não é isso, então provavelmente é apenas o plugin svn tendo algum tipo de soluço (é um pouco bugs); talvez tente fechar e reabrir o projeto e ver se o problema persiste.