Você pode experimentar o Ghostscript :
gs -sOutputFile=output.pdf -dBATCH -dNOPAUSE -sDEVICE=pdfwrite -sPAPERSIZE=a4 -dFIXEDMEDIA -dPDFFitPage -f input.pdf
Altere a4
para o tamanho que melhor atenda às suas necessidades.
Veja Como escolher o tamanho do papel na documentação.
Você deve conseguir instalar o GhostScript (gs) através do programa Cygwin setup.exe
.