Maneira simples: use o alternador de espaço de trabalho e arraste a janela para o espaço de trabalho desejado.
Forma ideal: instale gerenciador de configurações compizconfig (clique HERE para instalar) e ativar a inversão de borda.
Após a instalação, invoque o compizconfig-settings-manager com ccsm
ou pesquisando no Dash. Selecione Desktop Wall e na aba Edge Flipping, selecione "Edge Flip Move".
Agora você pode arrastar janelas entre espaços de trabalho. (Observe que o ponteiro precisa pressionar contra o lado da área de trabalho ao redor do meio). Leva um segundo antes que a viewport mude.
O Compizconfig-settings-manager também pode definir atalhos de teclado para mover janelas entre espaços de trabalho: