Você precisa dobrar o sinal de porcentagem para escapar adequadamente em um script em lote.
Comando
Copy "C:\first%%20second.png" "C:\sub\first%%20second.png"
Mais recursos
-
Personagens, Delimitadores e Citações de Escape
Escaping Percents
The
%
character has a special meaning for command line parameters and FOR parameters.To treat a percent as a regular character, double it:
%%