O mais provável é que isso não os afete. Kubuntu e Xubuntu são esforços da comunidade; há muito pouca contribuição direta da Canonical para esses projetos. Por exemplo, acredito que existe apenas um desenvolvedor pago pela Canonical trabalhando no Kubuntu. O Xubuntu não possui nenhum. A principal contribuição da Canonical para esses projetos é a infraestrutura.
Cada um desses projetos tem sido impulsionado pelas comunidades strongs que cresceram em torno deles. O fato de que a Canonical decidiu empurrar a Unity não vai mudar isso. Na verdade, se qualquer coisa, eu não ficaria surpreso se a comunidade acaba criando um novo "buntu". Eu imagino que haverá pessoas interessadas em trabalhar com um derivativo de ações do GNOME. Gubuntu talvez?