read
não expande as variáveis do seu arquivo de configuração.
Você pode verificar isso:
$ read username
$USER
$ echo $username
$USER
Esta resposta no Stackoverflow oferece uma solução.
Altere seu script para isso para expandir as variáveis:
while read var value
do
export "$var"="$value"
done < <(envsubst < my-conf-file.conf)