O comando RENAME não pode funcionar em subdiretórios, portanto a solução mais fácil seria cd
nos diretórios do script em lote antes de renomear os arquivos.
cd x64
RENAME "bin.exe" "bin_x64.exe"
cd ..
RENAME "x64" "64bit"
cd x86
RENAME "bin.exe" "bin_x86.exe"
cd ..
RENAME "x86" "32bit"