Os padrões são aplicados apenas ao campo "Padrão de nome de arquivo". "Local de armazenamento" é considerado um "diretório raiz" estático para salvar capturas de tela.
No entanto, você pode adicionar diretórios dinâmicos com facilidade ao "Padrão de nome de arquivo", por exemplo, para criar dinamicamente um diretório para cada dia:
Local de armazenamento:
C:\path\to\screenshots\
Padrão de nome de arquivo:
${YYYY}-${MM}-${DD}\${hh}-${mm}-${ss}
Há também um exemplo na janela de ajuda (?), mas talvez seja mais conciso.