Você pode tentar definir as configurações de proxy com uma extensão, por exemplo, Proxy Switcher and Manager , que permite definir vários métodos de proxy. Ele usa a API nativa do Google Chrome para definir as configurações de proxy.
Se você estiver usando diferentes perfis do Google Chrome, poderá instalar o plug-in em cada um de seus perfis e gerenciar suas configurações de proxy para cada perfil.