O Ubuntu 16.04 LTS Desktop deve vir com o CUPS incluído. Como tal, não há necessidade de instalar o CUPS a partir do código-fonte nesse sistema operacional.
A instalação a partir do código-fonte arrisca erros de compilação e instalação e também arrisca conflitos com os pacotes CUPS incluídos no Ubuntu.
Provavelmente, a maneira mais segura de obter o Ubuntu Desktop com uma instalação do CUPS funcionando e corrigida seria reinstalar o Ubuntu Desktop e, depois de ter iniciado a instalação e ter acesso à Internet, executar algo nas seguintes linhas do Terminal:
sudo apt-get upgrade && sudo apt-get update && sudo restart now
N.B. No futuro, você pode achar que perguntas sobre o Ubuntu devem ser feitas em qualquer um desses dois outros sites do StackExchange, que parecem ter uma proporção maior de usuários do Ubuntu ou outros usuários do GNU / Linux do que o SuperUser: