C: \ WIndows \ Assembly é o Cache de Assembly Global (GAC) usado pelo tempo de execução do .NET.
Geralmente, é aconselhável usar o comando .NET gacutil ( link ) para gerenciar o conteúdo desta pasta.
No entanto, se você acha que tem uma pasta vazia, pode excluí-la. Se você excluir qualquer pasta não vazia, poderá criar o problema para executar o programa baseado em .NET na sua máquina.
Por favor, note que você precisará de direitos de administrador para excluir qualquer conteúdo desta pasta. (mesmo que seja uma pasta vazia)