Se as suas faixas regulares de DTS tiverem uma taxa de bits fixa, como mostrado abaixo,
Metadata:
title : Stereo
BPS-eng : 768000
DURATION-eng : 01:26:25.973333333
você pode usar
ffmpeg -in.mkv -c copy -map 0:v -map 0:m:BPS-eng:768000 -map 0:s? out.mkv