Pensando nisso, acho que é isso que acontece:
A localização real não importa, desde que haja mais de um link físico para um arquivo. O arquivo também pode ser movido quando qualquer link físico é movido, mas como eles são INodes, eles sempre apontam para a localização interna correta do disco rígido, mesmo que algum deles seja excluído.
A localização exata depende do número de fatores:
Como está no link, depende de: Os sistemas de arquivos (ext4, btrfs, NTFS ...), fragmentação, tipo de disco, corrupção física, os programas que fazem a escrita, atc.