Descobri isso. Como eu suspeitava, era devido a UxStyle não ser desinstalado e estar em conflito com o UltraUxThemePatcher. A opção de desinstalação do UxStyle ainda não funciona para mim, mesmo depois que eu tentei desativar o Compatibility Assistant. No entanto, você pode efetivamente desabilitar o UxStyle removendo o executável "unsignedthemes.exe" que está localizado na pasta "Windows". AFAIK, UxStyle executa o exe na inicialização e é assim que permite temas.