Como o avidemux aparentemente não pode fazer isso, tomei uma rota diferente, usando o arquivo cortado anteriormente produzido com o avidemux como entrada:
Extraia o vídeo apenas com (% f é o código mc para o nome do arquivo de entrada)
ffmpeg -i %f -vcodec copy -an v.mp4
Extraia o áudio para audiodump.wav
mplayer %f -benchmark -vc null -vo null -ao pcm:fast &> /dev/null
Aumentar o volume
sox -v 3.0 audiodump.wav awav
audiodump.wav é enorme (tão grande ou maior que o filme), então reencode-o
lame -V2 a.wav a.mp3
Mesclar vídeo e áudio juntos novamente
ffmpeg -i v.mp4 -i a.mp3 -c copy m.mp4
E, claro, sempre é possível encontrar uma solução melhor, um único comando ffmpeg faz tudo. Novamente,% f é o arquivo recortado fora do avidemux.
ffmpeg -i %f -c:v copy -c:a copy -vol 256 m.mp4